Nació en Alemania, pasando 25 años de su vida en Perú, realizó diversas investigaciones (geológicas, geográficas, botánicas y otras) dentro del territorio peruano. Destaca por lo acusioso de los detalles descriptivos que hace con respecto a gran parte de los restos arqueológicos que personalmente el visitara, llegando a los sitios distantes a lomo de bestía. Se había adelantado en sus consideraciones con respecto a la cultura Matriz, su correlación de influencia le llevó a considerar hipotéticamente que esta irradío hacía el litoral dejando sentir su influencia desprendidas de aquel eje central.
En lo que respecta a su producción bibliográfica muchas de son sus obras, sin embargo pocos son los trabajos que se han hecho traducción, desconociendose toda esta importante obra que el realizó (Peru, Beobachfungen und Studien Uber das Land und seine Bewohner: 3 Vol., Berlin 1983-5), (Die einheimishchen Sprachen Perus, 6 Vol. 1890-92). Middendorf hace gala de una magistral y rigurosa descripción de lo observado en sus diversas obras.
Con respecto a su viaje por la serranía liberteña describe a Marcahuamachuco, y otras evidencias arqueológicas detallando su travesía por un camino poco transitado con direccion a la costa, (Viaje desde el 19 de mayo hasta el 21 de julio 1887) en la Obra "El Perú", que fuera traducción hecha y editada por la por U.M.S.M. en 1973. describe el camino de Chuyugual, y su acceso restringido que lo condujo a Otuzco y de alli a la costa, hasta llegar a Trujillo.