El Sitio de Gran Pajaten se encuentra ubicado a 2,850 m.s.n.m. y comprende un conjunto de edificios que presentan sus escalinatas orientadas hacia el nor-oeste.
Ha sido estudiadas intensamente a partir de 1985, y es a partir de estas fechas en que hemos tenido la oportunidad de de registrar aspectos referentes a las ocupaciones tempranas del sitio, así mismo poder estudiar algunos aspectos de su cimentación. Se excavó un pozo de control, al lado oeste de la escalera al interior del edificio N 3 y se excavó un rasgo exterior fuera del edificio No 1.
En el año 1986 se profundizó a fín de establecer la secuencia estratigráfica y obtener muestras de carbón que nos permitan fechar los niveles de procedencia de los restos culturales asociados, esta revisión se estableció teniendo como base el registro efectuado en 1975(Lennon, Cornejo y Church 1985), sin embargo debido a las condiciones de los materiales tuvimos que aperturar algunas calas nuevas para relacionar la estratigrafía. las excavaciones efectuadas en 1985 permitieron establecer que los pisos superiores se presentan disturbados como consecuencia de las remociones y trabajos de limpieza efectuadas por la Expedición Cívico -Militar quienes pensaron abrir rapidamente el conjunto al turismo sin efectuar los trabajos de investigación correspondientes. Se recuperó el material de superficie. En la parte exterior del edificio hacia el lado este se observó una fila de piedras que sobresalía por debajo del edificio y que hemos denomidao el Rasgo No 1.
En la excavación de la cala fué precisamente donde se ubicó una fila de piedras que conforman el rasgo, allí hemos encontrado lajas de piedra pizarra y se ubicó un muro de piedras canteada cuyas dimensiones eran de 58 x 18 x 12 y presentan una ligera inclinacióm hacia el lado este. aqui se han registrado 28 fragmentos de huesos, una vertebra humana y un maxilar superior derecho, las características de este rasgo exterior demuestran que se trata de un estructura anterior a la construccion del edificio No 12, Bonavia habia planteado":..que se trataba tan solo de una hilera de piedras superficiales y nada mas no me explico la razón de ellas... " Bonavia 1969:25).