La zona más alta es el Páramo Pluvial subalpino tropical ubicado entre 3,900 y 4,200 m.s.n.m. y con una temperatura promedio anual que varía entre 3.9 y 5.2 grados centígrados y entre 800 a 1,400 mm de precipitacion pluvial. El habitat es un pajonal de puna abierto ,con aislados fragmentos de bosque enano, no mayores de 1 Ha. conformados por Polylepis, Gynoxis escallonia, Buddlejia y Bacharis, Ribes bereberis, Chuquiragua y Vaccinium y un bambu enano el Chusquea Sp.

Los árboles tienen una altura máxima de 8 metros y los arbustos tienen 2 metros, son densamente distribuidos con alto epifitismo en sus ramas. Entre 2,500 y 3,800 m.s.n.m.con una temperatura anual promedia entre 6 y 12 grados centígrados y precipitación de 2,000 a 4,000 mm se encuentra la segunda zona el bosque pluvial montano tropical. Esta zona se caracteriza por las especies de Polylepis, Alnus, Orepanax, Podocarpus y Weinmannia que tienen una altura promedio de 15 metros y exhiben una incidencia alta de epitismo. La tercera zona ,el bosque Pluvial-Montano Bajo Tropical se ubica entre 1,600 a 1,900 m.s.n.m. En este habitat, los árboles alcanzan elevaciones promedio de 20 a 25 metros. La precipitación promedio anual es de 4,000 a 6,000 mm. con una temperatura entre 12 y 17 grados centígrados.

El ambiente natural ha protegido a través de los siglos los restos culturales encontrados en el parque. Los cambios en el clima y los cambios correspondientes en la vegetación evidentes en los estudios geológicos y palinológicos se correlacionan con los hallazgos arqueológicos, lo que hace posible entender los cambios en los patrones de asentamiento humano y posiblemente determinar que hizo este ambiente habitable y que lo transformó en inhabitable. El avance del nivel de los hielos, llego hasta la zona conocida como el Mirador dentro de lo que es ahora la Selva alta.

Observando los niveles de las terrazas en el sitio La Playa, podemos evidenciar la existencia de tres terrazas, las cuales datan la formación de los sitios que posteriormente fueron ocupados, siendo ya que al ocurrir la glaciación el nivel de material acumulada en la Laguna La Empedrada origino un rebalsamiento, lo que dió origen a una descarga de materiales depositando canto rodado en las partes altas de las capas y sedimentos en los niveles inferiores, por lo tanto la ocupación ocurre cuando estan los suelos estabilizados.