Tres fases han sido definidos que abarcan el fin del Período Intermedio Temprano y el Horizonte Medio. La cerámica de la fase Huamachuco Temprano (400-600 d.C.) incluye tasas caolinas de base anular pintadas con diseños cursivos, jarras grandes con cara antropomórfica modelado en el cuello (de hombre con orejeras y a veces tocando flauta), y jarras pintada con diseños geométricos negativos en negro sobre engobe rojo; este último también ocurría en la fase Purpucala.
En la fase Amaru (600-700 d.C.) la fabricación de estas vasijas sigue; además, base trípode son comunes, picos y estribos de fabricación local pero similar a los de Mochica V se encuentra, y cerámica que muestra influencia Huari de épocas 1B y 2A se encuentra. La fase Huamachuco Tardío (700-1000 d.C.) comparte varios de los atributos de la fase Intermedio Temprano pero platos de pasta caolina con diseños cursivos y jarras con pintura negativa en negro sobre engobe rojo ya son raros o ausentes. Entre las formas nuevas de decoración cerámica se encuentra adornos en pasta anaranjada.
El aumento de interacción que notamos al fin de las fase Purpucala se intensificó durante las fases Huamachuco Temprano y Amaru, pero esta interacción disminuye nuevamente en Huamachuco Tardío. Gran parte de los asentamientos de las fases medias fueron asociados con un camino importante que se dirige norte a sur, camino que ya existía en la fase Huamachuco Temprano. Al oeste de Huamachuco se encuentra varios lugares asociados con otros caminos; Cerro ochoconday, Cerro Campana Chica, Cerro Quinga 2, Paredones y Cerro Sulcha son ejemplos de esta asociación, presentando la mayoría estructuras o mampostería similares a los de Marcahuamachuco (Topic y Topic 1980).
Excavaciones recientes dirigidas por Alfredo Melly (1987,1989) han indicado que casi todos estos sitios tenían ocupaciones formativas, mientras que algunos por lo menos (Cerro Campana Chica, Paredones, y Cerro Sulcha) fueron ocupados durante épocas contemporáneas con Marcahuamachuco, indicando entonces que Marcahuamachuco fue, durante las fases medias, conectado con regiones al norte, sur y oeste por una red extensiva de caminos; sin duda había contacto también con regiones al este, pero nuestro reconocimiento no alcanzaba esta zona, debido a la situación política de ese momento.
Por estos caminos fueron transportadas cantidades grandes de obsidiana, de
spondylus, y cerámica (especialmente la de Cajamarca), junto con cantidades más
modestas de lápiz lazuli, turquesa, y probablemente textiles y metales.
Durante las fases medias vale mencionar cuatro grandes sitios. Aunque
Marcahuamachuco fue lo más grande, con un área total de 240 hectáreas, fue
ubicado a cierta distancia de los caminos importantes.
Cerro Sazón /Cerro Tuscan (área de los dos cerros juntados, 32 hectáreas) y
Viracochapampa (32 hectáreas) ocupaban posiciones que favorecieron el control de
transporte y fueron ubicados muy cerca el uno del otro, parecen haber sido
construido anteriormente, presentando ocupación en las fases Huamachuco Temprano
y Amaru. Nuestras tres excavaciones limitadas no proveían mucha información
sobre la función del sitio, pero probablemente fue un centro importante de
población.
El camino nor-sur pasaba por el centro del lugar y debe haber proveído servicios
y facilidades a viajeros. La evidencia para la producción de la chicha en gran
escala indica que el sitio ofrecía hospitalidad. Viracochapampa fue construido
durante la fase Amaru, pero la construcción no fue terminada y no había
ocupación aparte para los obreros que laboraban allí (Topic y Topic 1983, 1986).
Además, aunque el estilo de mampostería y algunas técnicas de construcción parecen derivarse de Huari, ha sido demostrado que los tipos principales de estructuras que se encuentran en Viracochapampa se originaron en Marcahuamachuco y después fueron adoptado por Huari, que fue responsable para su difusión al sur hasta Cuzco (Topic 1991). El Cerro Amaru (50 hectáreas) constituía un adoratorio dedicado al agua y la fertilidad que probablemente atraía peregrinos desde largas distancias (Topic y Topic 1992); la cerámica exótica, obsidiana, spondylus y otros materiales extranjeros son frecuentes en estos lugares. El Cerro Amaru, sin duda, representaba el foco principal de interés extranjero en Huamachuco.